無塵車間在使用一段時間后，其內部的設備和儀器上可能會殘留一些細菌或污染物，因此定期對湖北無塵車間進行清洗消毒是非常重要的。無塵車間本身就是一個比較特殊的場所，它在清洗消毒時所適用的潔凈劑或消毒劑不得對設備、物料、成品產生污染。另外，類似生物用車間或化學用車間，還要定期更換消毒劑種類，防止細菌產生耐藥性。
1、熱力滅菌：分為干熱滅菌與濕熱滅菌，主要是利用高溫的致死作用，使微生物的蛋白質和核酸等重要生物高分子發生變性、破壞，而導致細胞死亡。
2、氣體滅菌：湖北無塵車間常用的化學消毒劑有 環氧乙烷、氣態過氧化氫、甲醛、臭氧（O3）等，本法適用于在氣體中穩定的物品滅菌。
3、輻射滅菌: 電離輻射和電磁波輻射。
4、過濾滅菌:以物理的方法除去介質中的微生物。常將空氣或液體中的微生物及雜質用不同材料制成的薄膜濾器過濾得到無菌、無雜質的空氣或液體。濾過病毒的濾膜孔徑為25 ～100nm；濾過細菌的濾膜孔徑為0.22～0.45μm。
5、紫外線滅菌：紫外線輻射的穿透力很弱，因此主要用于無菌室、某些工作區的空氣滅菌、物體表面滅菌。實踐工作中在無菌室無菌柜凈化工作臺工作室及車間安裝紫外燈，一般僅起消滅空氣中部分微生物的作用，而不能起到完全滅菌的作用。
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